每次調換色彩以及當工結束時都必須清洗噴筆，很多用家都因為偷懶而沒有清洗之故，使價值不的器材因而損壞實在可惜。清洗噴筆主要有數個理由:
殘餘的乾顏料因為長時間暴露在空氣之中，會使到液體狀的顏料凝固，會阻塞只有數mm的噴管和噴咀。
雖然事後可以再一次清洗噴筆，但過程會非常困難，而且也很容易使到噴針灣曲，或者使到機械部件降低精密度，大者甚至毀壞噴筆。
凝固後的顏料，是很難清洗的，很多時候會有殘餘的顏料仍留在噴管之中，沒有辦法清除。當一些較為深色的顏料仍然留在噴管之中，會很容易影響到噴淺色顏料的表面，有時候你會發現，當你噴白色表面的時候，會有一些黑色點點隨著噴咀噴出，那就是殘餘在噴管之中的了。所以在每一次使用完工具後，必須即時清洗。
如可保養噴筆每次使用完噴筆後，必須把筆中的顏料到出，以清洗液灌滿顏料罐再將其噴出
以清洗液再次灌滿顏料罐，用毛筆細心洗顏料罐，完成後再將其噴出，然後重覆再做，直至完全沖淡噴出的顏料，沒有顏料殘餘物痕跡為止。
以工具清洗液再次灌滿顏料罐，用毛筆清細心洗顏料罐，如果只使用普通清洗液，並末能完全清潔噴筆，工具清洗液會更有效清除殘餘的顏料，完成後再將其噴出，這就完成清洗過程。
在多次以清洗液清潔後，可定時鬆開噴筆澈底的去清潔噴針，但小心把噴針弄鈍或弄彎。簡單而言，使噴筆保持良好工作狀態的最佳方法是：無論在換顏料時，或是在每次工作結束時，都要清洗噴筆。一支良好的噴筆在妥善的保養下，是可以用上十年。
